PCR Inhibitors: Sources, Inhibition Mechanisms and Control

Özet Polimeraz Zincir Reaksiyonu (Polymerase Chain Reaction, PCR) temelli testlerin ilk örnekleri ve denemeleri üzerinden 40 yıla yakın bir zaman geçti. Bu süreçte PCR temelli moleküler testler gıda güvenliği, adli incelemeler, çevresel örneklerin incelenmesi, rekombinan gen teknolojisi, insan-hayvan-bitki-mikroorganizma genetiği ve immünoloji gibi alanlarda yaygın olarak kullanıldığı gibi en önemli kullanım alanlarından biri de enfeksiyon hastalıklarının tanısı ve takibi olmuştur. 2020 yılının ilk aylarından itibaren tüm dünyayı etkisi altına alan SARS-CoV-2 pandemisi ile mücadelede ülkelerin günlük test kapasiteleri ön plana çıkmış ve bu kapasitenin bazı ülkelerin salgın yönetimindeki başarısı üzerinde önemli etkileri olduğu üzerinde durulmuştur. Bu süreçte kısa bir zaman içerisinde çok sayıda kullanıcı tasarımlı (in-house) ve ticari SARS-CoV-2 RNA testi dizayn edilirken, PCR temelli tanı testleri belki de tarihte hiç olmadığı kadar yoğun bir şekilde kullanılmıştır. Türkiye’nin de dahil olduğu gelişmiş sağlık altyapısına sahip birçok ülkede bu testlerin kullanım onayı, tedarik ve pazarlama süreçleri sıkı denetimlere tabi tutulmuştur. Bu makalede çevresel (kanalizasyon suları, çevresel yüzeyler, hava örneklemeleri ve gıdalar) ve biyolojik örneklerde (hayvan örnekleri, hücre kültürleri, insanlardan alınan kan, solunum yolu, idrar, doku ve dışkı örnekleri gibi klinik örnekler) yapılan PCR testleri için önemli bir problem olan ve yanlış negatif sonuçların önemli bir nedeni olan inhibitör maddelere dikkat çekmek amaçlanmıştır. Makalede ayrıca inhibitör maddelerin olumsuz etkilerini ortadan kaldırmak için geliştirilen çeşitli önlemler ve inhibisyon kontrolünün önemi üzerinde durulmuştur. Abstract Nearly 40 years have passed since the first trials and prototypes of Polymerase Chain Reaction (PCR) based tests. In this period, PCR-based molecular tests have been widely used in the fields of food safety, forensic examinations, examination of environmental samples, recombinant gene technology, ...