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Linking Allele-Specific Expression And Natural Selection In Wild Populations

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  • Additional Information
    • Contributors:
      Genoscope - Centre national de séquençage Evry (GENOSCOPE); Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)); Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA); Pacte, Laboratoire de sciences sociales (PACTE); Sciences Po Grenoble - Institut d'études politiques de Grenoble (IEPG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes 2016-2019 (UGA 2016-2019 ); Scalable, Optimized and Parallel Algorithms for Genomics (GenScale); Inria Rennes – Bretagne Atlantique; Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE (IRISA-D7); Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA); Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes); Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique (IMT Atlantique); Institut Mines-Télécom Paris (IMT)-Institut Mines-Télécom Paris (IMT)-Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes); Institut Mines-Télécom Paris (IMT)-Institut Mines-Télécom Paris (IMT)-Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA); Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique (IMT Atlantique); Institut Mines-Télécom Paris (IMT)-Institut Mines-Télécom Paris (IMT); Laboratoire de Mathématiques et Modélisation d'Evry (LaMME); Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Supérieure d'Informatique pour l'Industrie et l'Entreprise (ENSIIE)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Institut de Génomique d'Evry (IG); Université Paris-Saclay-Institut de Biologie François JACOB (JACOB); Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)); Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)); Institut méditerranéen d'océanologie (MIO); Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Aix Marseille Université (AMU)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Toulon (UTLN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
    • Publication Information:
      HAL CCSD
    • Publication Date:
      2019
    • Collection:
      Université de Rennes 1: Publications scientifiques (HAL)
    • Abstract:
      Allele-specific expression (ASE) is now a widely studied mechanism at cell, tissue and organism levels. However, population-level ASE and its evolutive impacts have still never been investigated. Here, we hypothesized a potential link between ASE and natural selection on the cosmopolitan copepod Oithona similis. We combined metagenomic and metatranscriptomic data from seven wild populations of the marine copepod O. similis sampled during the Tara Oceans expedition. We detected 587 single nucleotide variants (SNVs) under ASE and found a significant amount of 152 SNVs under ASE in at least one population and under selection across all the populations. This constitutes a first evidence that selection and ASE target more common loci than expected by chance, raising new questions about the nature of the evolutive links between the two mechanisms.
    • Accession Number:
      10.1101/599076
    • Online Access:
      https://inria.hal.science/hal-02275928
      https://inria.hal.science/hal-02275928v1/document
      https://inria.hal.science/hal-02275928v1/file/599076.full.pdf
      https://doi.org/10.1101/599076
    • Rights:
      info:eu-repo/semantics/OpenAccess
    • Accession Number:
      edsbas.171BCC97