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Multiple sclerosis lesions segmentation from multiple experts: The MICCAI 2016 challenge dataset

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  • Additional Information
    • Contributors:
      Neuroimagerie: méthodes et applications (Empenn); Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Inria Rennes – Bretagne Atlantique; Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-SIGNAUX ET IMAGES NUMÉRIQUES, ROBOTIQUE (IRISA-D5); Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA); Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes); Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique (IMT Atlantique); Institut Mines-Télécom Paris (IMT)-Institut Mines-Télécom Paris (IMT)-Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes); Institut Mines-Télécom Paris (IMT)-Institut Mines-Télécom Paris (IMT)-Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA); Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique (IMT Atlantique); Institut Mines-Télécom Paris (IMT)-Institut Mines-Télécom Paris (IMT); Département de Neuroradiologie Centre Hospitalier Lyon Sud - HCL; Centre Hospitalier Lyon Sud CHU - HCL (CHLS); Hospices Civils de Lyon (HCL)-Hospices Civils de Lyon (HCL); Service de Neuroradiologie Rennes; Centre Hospitalier Universitaire de Rennes CHU Rennes = Rennes University Hospital Ponchaillou; Service de Neurologie CHU Rennes; CHU Bordeaux; Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image pour la Santé (CREATIS); Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL); Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon); Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Service Informatique et développements; Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL); Concordia University Montreal; GIN Grenoble Institut des Neurosciences (GIN); Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Grenoble Alpes (UGA); ANR-11-INBS-0006, Fondation pour l'Aide à la Recherche sur la Sclérose en Plaques; ANR-11-INBS-0006, Agence Nationale de la Recherche; ANR-10-COHO-0002,OFSEP,Observatoire Français de la Sclérose en Plaques(2010); ANR-11-INBS-0006,FLI,France Life Imaging(2011)
    • Publication Information:
      HAL CCSD
      Elsevier
    • Publication Date:
      2021
    • Collection:
      Université Jean Monnet – Saint-Etienne: HAL
    • Abstract:
      International audience ; MRI plays a crucial role in multiple sclerosis diagnostic and patient follow-up. In particular, the delineation of T2-FLAIR hyperintense lesions is crucial although mostly performed manually-a tedious task. Many methods have thus been proposed to automate this task. However, sufficiently large datasets with a thorough expert manual segmentation are still lacking to evaluate these methods. We present a unique dataset for MS lesions segmentation evaluation. It consists of 53 patients acquired on 4 different scanners with a harmonized protocol. Hyperintense lesions on FLAIR were manually delineated on each patient by 7 experts with control on T2 sequence, and gathered in a consensus segmentation for evaluation. We provide raw and preprocessed data and a split of the dataset into training and testing data, the latter including data from a scanner not present in the training dataset. We strongly believe that this dataset will become a reference in MS lesions segmentation evaluation, allowing to evaluate many aspects: evaluation of performance on unseen scanner, comparison to individual experts performance, comparison to other challengers who already used this dataset, etc.
    • Relation:
      info:eu-repo/semantics/altIdentifier/pmid/34563682; hal-03358961; https://inria.hal.science/hal-03358961; https://inria.hal.science/hal-03358961/document; https://inria.hal.science/hal-03358961/file/1-s2.0-S1053811921008624-main.pdf; PUBMED: 34563682
    • Accession Number:
      10.1016/j.neuroimage.2021.118589
    • Online Access:
      https://doi.org/10.1016/j.neuroimage.2021.118589
      https://inria.hal.science/hal-03358961
      https://inria.hal.science/hal-03358961/document
      https://inria.hal.science/hal-03358961/file/1-s2.0-S1053811921008624-main.pdf
    • Rights:
      http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/ ; info:eu-repo/semantics/OpenAccess
    • Accession Number:
      edsbas.1859350D