Discovering candidate regulatory networks in epigenomics and transcriptomics ; Entdeckung von regulatorischen Netzwerken in der Epigenomik und Transkriptomik

The thesis introduces the pipelines TF-Prioritizer and circRNA-sponging for epigenomic and transcriptomic analysis. TF-Prioritizer streamlines the examination of transcription factors, cutting down on laborious ChIP-seq experiments, and has been validated in mammary gland research. circRNA-sponging automates the study of circular RNAs and their interactions with miRNAs, revealing differentially expressed circRNAs in mouse brain. These tools simplify regulatory studies, making gene regulation research more efficient ; In dieser Arbeit werden die Pipelines TF-Prioritizer und circRNA-sponging für epigenomische und transkriptomische Analysen vorgestellt. TF-Prioritizer rationalisiert die Untersuchung von Transkriptionsfaktoren und reduziert die aufwändigen ChIP-seq-Experimente. circRNA-sponging automatisiert die Untersuchung von zirkulären RNAs und deren Interaktionen mit miRNAs und deckt unterschiedlich exprimierte circRNAs im Gehirn von Mäusen auf. Diese Werkzeuge vereinfachen regulatorische Studien und machen die Erforschung der Genregulation effizienter.