Contributors: Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo); Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE); HelixVenture; Biologie intégrée pour la valorisation de la diversité des Arbres et de la Forêt (BioForA); Office national des forêts (ONF)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE); Génétique Diversité et Ecophysiologie des Céréales (GDEC); Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA); Physiologie, Ecologie et Environnement (P2E); Université d'Orléans (UO)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE); Centre National de Recherche en Génomique Humaine (CNRGH); Institut de Biologie François JACOB (JACOB); Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)); Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)); Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA); Interactions Virus-Insectes - Insect-Virus Interactions (IVI); Institut Pasteur Paris (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité); Laboratoire de Mathématiques et Modélisation d'Evry (LaMME); Ecole Nationale Supérieure d'Informatique pour l'Industrie et l'Entreprise (ENSIIE)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE); Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales (UMR AGAP); Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Montpellier; Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Montpellier (UM); The main source of funding was the ANR through the project EPITREE (ANR-17-CE32-0009).; ANR-17-CE32-0009,EPITREE,Impacts évolutif et fonctionnel de variations épigénétiques chez des arbres forestiers.(2017)
Abstract: We thank the Genotoul bioinformatics platform Toulouse Occitanie (Bioinfo Genotoul, https://doi.org/10.15454/1.5572369328961167E12) for providing computing and storage resources. WGS and WGBS sequencing were performed at the Centre National de Recherche en Génomique Humaine (CNRGH), Institut de Biologie François Jacob, CEA, Evry, France. All the capture experiments were performed at the PGTB (doi:10.15454/1.5572396583599417E12). SeqCapBis sequencing was performed at the GeT-PlaGe core facility, INRAe Toulouse. ; International audience ; These last 20 years, several techniques have been developed for quantifying DNA methylation, the most studied epigenetic marks in eukaryotes, including the gold standard method, whole-genome bisulphite sequencing (WGBS). WGBS quantifies genome-wide DNA methylation but has several inconveniences rendering it less suitable for population-scale epigenetic studies. The high cost of deep sequencing and the large amounts of data generated prompted us to seek an alternative approach. Restricting studies to parts of the genome would be a satisfactory alternative had there not been a major limitation: the need to select upstream targets corresponding to differentially methylated regions (DMRs) as targets. Given the need to study large numbers of samples, we propose a strategy for investigating DNA methylation variation in natural populations, considering the structural complexity of the genomes with their size and their content in unique as coding regions versus repeated regions as transposable elements. We first identified regions of highly variable DNA methylation in a representative subset of genotypes representative of the biological diversity in the population by WGBS. We then analysed the variations of DNA methylation in these targeted regions at the population level by Sequencing Capture Bisulphite (SeqCapBis). The entire strategy was then validated by applying it to another species. Our strategy was developed as a proof of concept on natural populations of two forest species: ...
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