Understanding the origin and predicting adaptive genetic variation at large scale in the genomic era : a case study in maritime pine ; Comprendre l’origine et prédire la variation génétique adaptative à large échelle à l’ère de la génomique : une étude de cas chez le pin maritime

Le changement climatique impacte déjà les populations d’arbres forestiers, comme en témoignent les évènements de mortalité de plus en plus fréquents et les migrations vers le nord et en altitude. Cependant, les populations pourraient ne pas migrer assez rapidement face au rythme sans précédent du changement climatique. Dans ce contexte, évaluer le potentiel des populations d'arbres forestiers à persister face au changement climatique est nécessaire. Chez les arbres forestiers, une longue histoire de jardins communs a fourni un cadre unique afin d’associer la variation des traits quantitatifs à de larges gradients environnementaux, permettant ainsi de mieux comprendre l'origine de la variation des traits quantitatifs et d'identifier les populations qui pourraient grandir et survivre mieux, ou moins bien, sous les climats futurs. Les données génomiques provenant des outils de séquençage de nouvelle génération révolutionnent actuellement notre compréhension de la composante génétique des traits quantitatifs et stimulent le développement de nouvelles méthodes statistiques visant à anticiper les réponses des populations aux conditions changeantes. Dans les approches basées sur les traits, la combinaison des données phénotypiques et climatiques des jardins communs avec les données génomiques semble être une approche particulièrement pertinente afin de séparer les composantes plastiques et génétiques de la variation des traits, ainsi que les processus neutres et adaptatifs sous-jacents, ce qui est prometteur vis-à-vis de l’amélioration des prédictions de la variation des traits à grande échelle. En génétique du paysage, les données génomiques et environnementales peuvent être combinées afin d’identifier les relations gènes-environnement actuelles, qui servent ensuite à estimer le changement génétique nécessaire au maintien des relations gènes-environnement dans les climats futurs, une métrique appelée ‘décalage génomique’. Dans cette thèse, le pin maritime (Pinus pinaster Ait), un conifère à longue durée de vie ...